Práctica+5

__**Práctica Viernes 21 de Mayo - Búsqueda de motivos**__

//**Péptido Señal (Software SignalP ver. 3.0):**//
 * Sitio corte péptido señal entre 28 y 29. Comienzo de la proteína madura en la posición 29.
 * El puntaje S para la predicción de péptido señal se reporta para cada posición de un único aminoácido en la secuencia presentada, con un alto puntaje indicando que el aminoácido correspondiente es parte de un péptido señal, y un puntaje bajo indicando que el aminoácido es parte de una proteína madura.
 * El puntaje C es el puntaje del “sitio de escisión”. Para cada posición en la secuencia presentada, es reportado un puntaje C, el cual sólo debería ser significativamente alto en el sitio de escisión.
 * Y-max es una derivada del puntaje C combinado con el puntaje S, resultando en una mejor predicción del sitio de escisión que el puntaje C sólo. Esto se debe al hecho de que múltiples puntajes C de picos altos pueden ser encontrados en una secuencia, donde sólo una es el verdadero sitio de escisión. El sitio de escisión es asignado a partir del puntaje Y donde el gradiente del puntaje S es abrupto y se encuentra un puntaje C significativo.
 * La media S es el promedio del puntaje S, que va desde el aminoácido del terminal N al aminoácido asignado con el puntaje más alto de Y máxima, así el puntaje de la media S se calcula para la longitud del péptido señal predicho. El puntaje de la media S esusadocomo criterio para la discriminación de proteínas secretoras y no secretoras.
 * El puntaje D es un promedio simple de la media S y el puntaje Y-max. El puntaje muestra un rendimiento superior de discriminación de proteínas secretoras y no secretoras al puntaje de la media S.
 * Para las proteínas no secretoras, todos los puntajes representados en la salida SignalP3-NN deberían idealmente ser muy bajos.


 * 1) ABC transporters belong to the ATP-Binding Cassette (ABC) superfamily, which uses the hydrolysis of ATP to energise diverse biological systems. ABC transporters minimally consist of **two conserved regions: a highly conserved ATP binding cassette (ABC) and a less conserved transmembrane domain (TMD). These can be found on the same protein or on two different ones.** Most ABC transporters function as a dimer and therefore are constituted of four domains, two ABC modules and two TMDs.
 * //¿Puede ser DR_2283 la que actúe de proteína transmembrana en un dímero proteína-proteína que forme en su conjunto el transportador ABC-3?//

__Resultados de **Pfam**:__
 * = **Dominio** ||= **Posición inicio** ||= **Posición fin** ||
 * = **Transmembrana** ||= 12 ||= 34 ||
 * = **Transmembrana** ||= 54 ||= 81 ||
 * = **Transmembrana** ||= 93 ||= 112 ||
 * = **Baja complejidad** ||= 137 ||= 151 ||
 * = **Baja complejidad** ||= 176 ||= 237 ||
 * = **Transmembrana** ||= 179 ||= 206 ||
 * = **Transmembrana** ||= 218 ||= 239 ||
 * = **Transmembrana** ||= 245 ||= 265 ||

__Resultados de **TopPred**II:__
 * = **Dominio** ||= **Posición inicio** ||= **Posición fin** ||
 * = **Transmembrana** ||= 16 ||= 36 ||
 * = **Transmembrana** ||= 63 ||= 83 ||
 * = **Transmembrana** ||= 91 ||= 111 ||
 * = **Transmembrana** ||= 133 ||= 153 ||
 * = **Transmembrana** ||= 179 ||= 199 ||
 * = **Transmembrana** ||= 220 ||= 240 ||
 * = **Transmembrana** ||= 245 ||= 265 ||

__Documento de salida del TopPredII (texto word):__

__Imagen de la **hidrofobicidad de DR_2283** obtenida del TopPredII:__

__Dominios transmembrana predichos por TopPredII para DR_2283 marcados sobre el alineamiento múltiple sin //Thermus//:__

__Resultados obtenidos con el programa de predicción de dominios transmembrana Phobius__

Prediction of tr|Q9RS44|Q9RS44_DEIRA
code ID  tr|Q9RS44|Q9RS44_DEIRA FT  TOPO_DOM      1     11       CYTOPLASMIC. FT  TRANSMEM     12     34 FT  TOPO_DOM     35     53       NON CYTOPLASMIC. FT  TRANSMEM     54     81 FT  TOPO_DOM     82     92       CYTOPLASMIC. FT  TRANSMEM     93    112 FT  TOPO_DOM    113    178       NON CYTOPLASMIC. FT  TRANSMEM    179    206 FT  TOPO_DOM    207    217       CYTOPLASMIC. FT  TRANSMEM    218    239 FT  TOPO_DOM    240    244       NON CYTOPLASMIC. FT  TRANSMEM    245    265 FT  TOPO_DOM    266    268       CYTOPLASMIC. //

code __Dominios transmembrana predichos por la herramienta TMAP de EMBOSS__

Output file outfile code
 * 1) Program: tmap
 * 2) Rundate: Tue  1 Jun 2010 12:14:37
 * 3) Commandline: tmap
 * 4)    -auto
 * 5)    -sequences /var/www/html/emboss/output/264636/.sequences
 * 6)    -graph png
 * 7)    -outfile outfile
 * 8)    -rformat2 seqtable
 * 9) Report_format: seqtable
 * 10) Report_file: outfile
 * 1) Report_file: outfile


 * 1) Sequence: Consensus     from: 1   to: 268
 * 2) HitCount: 6
 * 1) Sequence: Consensus     from: 1   to: 268
 * 2) HitCount: 6

Start    End TransMem Sequence 12     40        1 FFVRALLAVSLVSILCALIGAWVVLRGLS 51     71        2 LPGIVSAFLLKGNLLLGAAIA 85    105        3 RSGLKQDSAIGIVFVGMFALG 130    151        4 VTPADLWGALAVTLGVGGLLTA 176    204        5 LNNLLLVLIGLVVVLTVQLVGTTLSVSLL 216    244        6 RSLRTMMLLAAALGILGGVSGLYASYYLD


 * 1) Sequence: Q9RS44_DEIRA     from: 1   to: 268
 * 2) HitCount: 6
 * 1) Sequence: Q9RS44_DEIRA     from: 1   to: 268
 * 2) HitCount: 6
 * 1) Sequence: Q9RS44_DEIRA     from: 1   to: 268
 * 2) HitCount: 6

Start    End TransMem Sequence 12     40        1 FFVRALLAVSLVSILCALIGAWVVLRGLS 51     71        2 LPGIVSAFLLKGNLLLGAAIA 85    105        3 RSGLKQDSAIGIVFVGMFALG 130    151        4 VTPADLWGALAVTLGVGGLLTA 176    204        5 LNNLLLVLIGLVVVLTVQLVGTTLSVSLL 216    244        6 RSLRTMMLLAAALGILGGVSGLYASYYLD



code
 * 1) Total_sequences: 1
 * 2) Total_length: 268
 * 3) Reported_sequences: 2
 * 4) Reported_hitcount: 12
 * 1) Reported_hitcount: 12

__Resultados de prediccion de dominios transmembrana con la herramienta TMHMM__

TMHMM result
[|HELP] with output formats

code tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    inside         1    12 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    TMhelix        13    35 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    outside        36    49 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    TMhelix        50    81 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    inside        82    92 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    TMhelix        93   115 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    outside       116   129 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    TMhelix       130   152 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    inside       153   178 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    TMhelix       179   201 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    outside       202   220 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    TMhelix       221   243 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    inside       244   247 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    TMhelix       248   265 tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA   TMHMM2.0    outside       266   268
 * 1) tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA Length: 268
 * 2) tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA Number of predicted TMHs:  7
 * 3) tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA Exp number of AAs in TMHs: 155.3753
 * 4) tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA Exp number, first 60 AAs:  30.77085
 * 5) tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA Total prob of N-in:        0.86295
 * 6) tr_Q9RS44_Q9RS44_DEIRA POSSIBLE N-term signal sequence

code

__Aquí se presentan algunos artículos de interés sobre la caracterización estructural de los transportadores ABC.__

__HIPÓTESIS ACTUAL__