Práctica+2

Dot Plot (Proteínas):
 * Radiodurans vs Geothermalis (15-5); Resultados:


 * 1) Comentarios: No existe información disponible en Uniprot. A tenor del Dot Plot, las proteínas son muy similares entre sí. Identidad muy alta.


 * Radiodurans vs Deserti (15-5); Resultados:


 * 1) Comentarios: No existe información disponible en Uniprot. A tenor del Dot Plot, las proteínas son muy similares entre sí. Identidad muy alta.


 * Radiodurans vs Listeria (15-7); Resultados:


 * 1) Comentarios: No existe información disponible en Uniprot. A tenor del Dot Plot, las proteínas poco similares entre sí. Identidad baja.


 * Radiodurans vs Halodurans 15-5). Resultados:
 * 1) Comentarios: No existe información disponible en Uniprot. A tenor del Dot Plot, las proteínas poco similares entre sí. Identidad baja. Aparecen dos regiones de similitud, lo cual puede deberse a dominios comunes de ambas proteínas. Observando la ficha de uniprot de la proteína de Halodurans podemos ver que se trata de dominos transmembrana. Si se hace un blast con esos dominios se obtienen resultados positivos con proteínas transportadoras de unión a hierro con ambas regiones.


 * Radiodurans vs Haemofilus.
 * 1) Comentarios: No existe información disponible en Uniprot. A tenor del Dot Plot, las proteínas poco similares entre sí. Identidad baja. Se obtienen las mismas regiones de identidad que en el caso del dot plot con Halodurans. Además mirando ambas fichas de uniprot de Halodurans y Haemofilus está caracterizado en ambos casos dominios transmembrana. Sería interesante realizar un dot plot entre las proteínas de Haemofilus y Halodurans para verificar la similitud de estas regiones transmembrana, a las cuales si se les realiza un blast aparecen en proteínas transportadoras de unión a hierro.
 * Rad vs C. parad (15/5 aa no similares)
 * Rad vs C. parad (15/5 aa similares)
 * Rad vs M. maris (15/5 aa no similares)
 * Rad vs M. maris (15/5 aa similares)
 * D.Radiodurans vs Thermus thermophilus (10/2 aa similares)
 * [|DRvsTTaaSIM102.PNG]
 * D.Radiodurans vs Thermus thermophilus (15/5 aa similares)
 * [|DRvsTTaaSIM155.PNG]
 * D. Radiodurans vs Meiothermus silvanus (10/2 aa similares)
 * [|DRvsMSaaSIM102.PNG]
 * D. Radiodurans vs Meiothermus silvanus (15/5 aa similares)
 * [|DRvsMSaaSIM155.PNG]

Dot Plot (CDS): Comentarios: La identidad observada es muy significativa, puesto que aparece una diagonal muy marcada. Esto tiene sentido, ya que Deinococcus geothermalis pertenece al mismo género que D.radiodurans. En Uniprot se señala que por similaridad, debe contener dominios transmembrana, pero no están determinados.
 * Radiodurans vs Geothermalis (15-5); Resultados:


 * Radiodurans vs Deserti (15-5); Resultados:

Comentarios: La identidad observada es muy significativa, puesto que aparece una diagonal muy marcada. Esto tiene sentido, ya que Deinococcus deserti pertenece al mismo género que D.radiodurans. En Uniprot se señala que por similaridad, debe contener dominios transmembrana, pero no están determinados.

Comentarios: Esta ventana apenas nos señala identidad, y de hecho tampoco hay apenas ruido de diagonales pequeñas, por lo que aumentamos la ventana y el margen de error.
 * ======Radiodurans vs Bacillus Halodurans (10-2)======
 * ======[[file:10_2_Halodurans.bmp]]======

Comentarios: En este caso, aunque aparecen pequeñas diagonales en el centro, el ruido es muy grande, y no se puede ver claramente alguna región diagonal central.
 * Radiodurans vs Bacillus Halodurans (15-5)


 * Radiodurans vs Bacillus Halodurans (15-7)

Comentarios: Si observamos en este caso pequeñas diagonales centrales, aunque el ruido es muy elevado y estas no son de mayor tamaño que las otras.


 * Radiodurans vs Listeria Monocytogenes (10-2); Resultados:


 * Radiodurans vs Haemofilus (10-2). Resultados:


 * 1) (1) Bacillus halodurans vs Haemophilus influenziae. BLOSUM 62. 15/5. Aminoácidos, sin contar similares.


 * 1) (2) Bacillus halodurans vs Haemophilus influenziae. BLOSUM 62. 10/2. Aminoácidos, sin contar similares.


 * 1) (3) Haemophilus influenziae vs Deinococcus radiodurans. BLOSUM 62. 10/2. Aminoácidos, contando similares.