4.-+Discusión

Los sistemas de transporte ABC forman la mayor superfamilia de proteínas conocida. Estos transportadores se encargan de movilizar a una gran diversidad de sustratos con gasto de ATP. En el caso de las bacterias, son críticos para muchas funciones celulares. Más concretamente, para el organismo //D.radiodurans// podrían ser una de sus herramientas clave para poder sobrevivir en condiciones de alta radiación.

Desde el punto de vista génico, hay dos aspectos muy importantes a señalar:
 * Normalmente las secuencias que codifican para las proteínas de los transportadores ABC se conservan como operones o clusters génicos [26].
 * Estos operones presentan distintas estructuras modulares que varían en función de los organismos y de los sustratos. En un estudio de 1998 [24] se mostró cómo existe una fuerte correlación entre los árboles filogenéticos derivados de los módulos de los transportadores ABC y la forma de organización que éstos presentan. En estas estructuras modulares suele haber dos componentes diferenciados: por una parte la región de interacción nucleotídica, y por otra, el componente transmembrana. Dependiendo del organismo, dichas regiones formarán parte de la misma proteína o serán subunidades proteicas independientes.

Tras los diversos análisis realizados, se evidencia que la proteína Q9RS44_DEIRA es el componente transmembrana del transportador ABC de Mn de //D.radiodurans// en estudio. Dado que se trata de una proteína de membrana, parecen coherentes los resultados obtenidos para la posible presencia de un péptido señal, el cual dirija a la misma durante su proceso de maduración. Además, otro dato que apoya esto, es el hecho de que, en la predicción de la estructura 3D de esta proteína, la región del péptido señal no aparezca en la secuencia de la proteína tomada como modelo (otro dato que evidencia que esta región no se encuentra en la proteína madura). Muy bien

La caracterización de Q9RS43_DEIRA se llevó a cabo con la finalidad de complementar los resultados obtenidos para Q9RS44_DEIRA. Efectivamente, tras el estudio de dicha proteína, facilitado por el hecho de que los componentes nucleotídicos de los transportadores ABC se hayan muy bien conservados, los resultados concordaron con lo esperado. De esta forma, el dominio de unión a ATP aparece claramente conservado así como el C-loop, dominio también muy conservado en los transportadores ABC [21] (figura 5). Asimismo, es interesante mencionar que, en el estudio por alineamiento múltiple de Q9RS43_DEIRA, se puede apreciar también una región altamente conservada con aminoácidos de carga negativa e hidrófobos (156-159 de Q9RS43_DEIRA, L-D-E-P). Esto podría deberse a que los transportadores ABC en estudio transportan iones metálicos con carga positiva, de ahí que ésta pudiera ser la zona de interacción con dichos iones. La observación de esta región en la estructura 3D predicha no parece rechazar esta hipótesis pero serían necesarios estudios más exhaustivos para llegar a determinarlo.

Una vez caracterizadas ambas subunidades, y gracias a que la búsqueda bibliográfica nos permite conocer algunas estructuras de transportadores similares, podemos proponer un posible modelo de interacción entre ambas proteínas. (aquí lo tenemos ;-) Éste se sustenta en que en los alineamientos múltiples de las proteínas Q9RS44_DEIRA y Q9RS43_DEIRA aparecen algunos aminoácidos conservados que podrían, por su naturaleza fisico-química, estar implicados en esta interacción. La calidad de las estructuras 3D impide hacer afirmaciones categóricas, pero su análisis comparativo permite intuir qué zonas pueden estar implicadas en las interacciones entre las proteínas. La arquitectura molecular de los transportadores ABC de iones metálicos y de pequeños compuestos unidos a metales, está representada principalmente por //BtuCD//, un importador de vitamina B12 de //E.coli//. Debido a esto, se usó para este análisis el transportador //HI1470/1// de //Haemophilus influenziae//, de características parecidas al de //E.coli// [21]. A partir de éste, hemos especulado cúal puede ser la conformación funcional de este sistema, y debido a que pertenece a la misma subfamilia que los usados para la deducción, esta hipótesis podría ser validada en posteriores análisis. En este sentido, sería interesante llevar a cabo estudios de docking molecular para determinar el modo optimo de interacción entre las distintas subunidades del complejo.

Por otra parte, los estudios llevados a cabo sobre los alineamientos múltiples confirman también el hecho bien conocido de que los diferentes componentes de los transportadores ABC tienen distintas tasas de divergencia evolutiva [26]. Las permeasas, al contrario que sus compañeras de unión a ATP (las cuales presentan alta conservación), requieren de un análisis más profundo de las secuencias y de la observación de su estructura tridimensional para reconocer la homología, cosa que hemos constatado a lo largo del estudio.

Finalmente, hemos comprobado que nos hallamos ante un operón génico. Sería interesante llevar a cabo más análisis de las regiones no codificantes. Así se podría determinar por ejemplo qué tasa de transcripción presenta, si es o no regulable, y si lo es, mediante qué mecanismo.

En resumen, nos hallamos ante un transportador ABC de Mn que interviene en un proceso tan importante como es la detoxificación celular. Aunque la estructura propuesta parece ser coherente, son necesarios más análisis para poder llegar a conocer a fondo el mecanismo por el cual se regula la transcripción, se ensambla el transportador y realiza su actividad. De esta forma, se podría aplicar todo este conocimiento en multitud de procesos como, por ejemplo biorremediación o protección celular frente radiación y estrés hídrico.

-- Muy bien. Muy buena discusión