DR_2284

Estudio de la proteína de interacción para la formación del transportador ABC DR_2284
 * Ficha Uniprot: Destacable que dicha proteína está predicha a diferencia de la DR_2283 que está inferida por homología.
 * Resultados BLAST (ver que aparece B.Halodurans)
 * Hecho alineamiento múltiple con las tres proteínas de las que hay colgada su secuencia (no están aún colgados los resultados porque hay procesarlos..).
 * Resultados pFAM
 * ~ Source ||~ Domain ||~ Start ||~ End ||
 * **Pfam A** || [|ABC_tran] || 41 || 161 ||
 * **low_complexity** ||  || 230 || 239 ||

Viendo la estructura de Swissmodel (con un 30% homología con un transportador de vitamina B12 de E.coli), y juntándola con la que tenemos predicha para 2384 parece ser (vamos, yo pondría la mano en el fuego) de que sí que encajan y el transportador completo se corresponde a un tetrámero homodimérico tipo éste (artículo Science que hay colgado) NOTA: No puedo marcar los dominios encontrados ni nada porque no me aparece el modo comandos en el programa. MULTIFASTA PARA ALINEAMIENTO: code >tr|Q9RS43|Deinococcus radiodurans GN=DR_2284 PE=4 SV=1 MLGVEGLTVRYGSQVALENATLRFEAGQFTAVIGPNGAGKSTLLRALAGLLTDYEGRVTF DPGHSPRTCLSYVPQQQTLDWGFPVTVWDTAMMGRTGRLGWLRWPGPRDRQIVEDALRET GVYDLRSRHIGALSGGQRQRVLLARMLARQGHLLLLDEPLTGVDVTTQEQLMALLRRQAD QGRAVVMVTHDLEQARRWCDRIVLINRRVIADGTPDAVYTPQNVEATFTGGGPGAAGAP
 * Retultados Interpro
 * Ver resultados prosite (analizar). No los he incluído porque es bastante largo y es mejor verlo entre todos.
 * Modelización 3D
 * __CONCLUSIONES__**

>sp|Q9KD30|Bacillus halodurans GN=mntB PE=3 SV=1 MNPVVKVDNLSVFYEQHQAIKNIRFQAGPGQMIGILGPNGAGKSTLMKAILGLERYTGTV KVLDKHVRHVRKQIAYVPQRNAIDWDFPVLVEDVVMMGRFAHIPWFKRAGKNDKRLVEES LKKVGMEEYRSRQIGELSGGQQQRVFIARALAQESELFFLDEPFVGIDVTSESIILSLLQ ELRDRGKTIFVVHHDLSKVEKYFDQVLMLNKELIAYGPVADVYTPEMVAKTYQGNLATFS KKDEVMVVNV

>sp|Q56953|Yersinia pestis GN=yfeB PE=3 SV=1 MSHPVFVRPELVVDNVTVTYNNGHTAIYDASFSLTGGTICALVGVNGSGKSTLFKSIMGL VKPSVGKVELSHKPISHALKQNTIAYVPQTEDVDWNFPVLVEDVVMMGRYGKMNFLRIPS REDKAIVNKSIERVGLTALRSRQIGELSGGQKKRVFLARALAQQGTLLLLDEPFTGVDVK TENAIIELLQSLRDEGHLILVSTHNLGSVPEFCDHVILINQTVLAAGPIETTFTQKNLEM TFGGVLRHINLSGTALHDDNDPRTVTVITDDERPAVFYGHTKNDPPAQSQSKEQNS

>tr|C0J1I4|Escherichia coli PE=4 SV=1 MSQAAGITVAGLTVVYRNGHKALQNASFSVPKGSNAALLGVNGSGKSTLFRAMMGFVSPS CGTISLLGMPPAQALRRNIIAYVPQSEEIDWSFPVLVEDVVMMGRYGHMGMLRRAGKEDR RIVNDALERVDMLPYRHRQIGELSGGQKKRVFLARSIAQRGKVILLDEPFTGVDVNTEKK IITLLGELKEEGSTLVVSTHNLTSVSEYCDYTVLVKGTVLASGPVATTFTPENIKKTFSA NIESESDILPVQGGSTQPNYQPSAEYEDKGRSS

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